魏晋南北朝时期中国主要的哲学思潮是玄学与佛学。佛学属于外来的文化，它在中国的传播首先要解决的就是中国化的问题，这在魏晋时期主要表现为与玄学的合流。玄学就其思想本质来说，是属于道家的，因此有学者称其为新道家。而玄学的兴起，与两汉儒学的发展方向有很大的关系，它基本上是由批判儒家的伦理主义与两汉的神学目的论而引发的，而所使用的思想武器就是道家的追求个体自由的精神。
这也是一种人文主义，但与汉末批判思潮所依据的儒家人文主义精神有本质的区别。其实，汉末批判思潮的重要代表人物仲长统已经有这方面的思想倾向。如仲长统，玄学家们也不能回避已经渗透到社会、政治生活各个领域的儒学有关问题。在玄学家们所尊奉的三部经典-所谓“三玄”中，除《老子》、《庄子》外，就有儒学经典《周易》。再如，以孔子为圣人，这是当时社会的普遍看法，玄学家们也并不否认这一点，而且，许多玄学家为《论语》作过注，特别是何晏的《论语集解》，更为后世所推崇。最为重要的一点是，“名教”与“自然”的关系，一直是玄学家们所争论的比较关键的问题。对这个问题的回答，就是对儒道关系问题的解答。
玄学起于“清谈”，“清谈”早期内容的一个重要方面就是人物品评。我们知道，汉代的察举制度使“名节”问题成为儒者能否进入仕途的关键。但随着汉末政治的腐败，这种制度的弊端也日益暴露出来，沽名钓誉、名不副实的比比皆是。魏武帝曹操已经洞察到其弊端，所以在建安十五年(210)、十九年(214)、二十二年(217)他所发布的三道求才令(见《三国志·武帝纪》)中，对依靠以儒家伦理道德为依据的“名节”来选举官员的作法表示了极大的蔑视，提出“唯才是举”，并非常明白地说，可以任用“不仁不孝而有治国用兵之术”的人。曹操的三道求才令中，所提到的一个主要观点就是才能与德性(即“才”、“性”)之间没有必然的联系，这无疑是对两汉儒学名教制度的严厉打击。才性问题也是玄学家们早期“清谈”的核心问题，如钟会撰有《四本论》，对当时流行的关于才性同异、合离四种不同看法作了评述。由才性问题而至“名教”与“自然”的问题，则意味着对儒学思想的更深层的清算。
玄学的开创性人物当推何晏、王弼，他们活跃于魏齐王芳正始年间(240-249)，故他们所领导的这一时期玄学思潮又称“正始玄学”。何晏、王弼都祖述老、庄，提倡“以无为本”。他们所说的“无”，就是道家的自然之道，以其强调“无名”、“无誉”等等对外在的、人为的规范的否定，故用“无”来命名。玄学家们认为自然就是万物包括人存在的本质，以此来反对儒家的尚名节、重仁义，以为这正是以“无”为特征的自然本质的丧失。如王弼以“自然”为本，“仁义”为末，提倡“崇本以息末”，这是明显的对儒学名教的反对。不过，王弼又有“崇本以举末”这一面的思想，认为只有依于自然之道而行，才可能实现仁义，也就是说，成就仁义并非“用”、仁义所能达到的。这就是用超伦理的手段来实现道德伦理的社会价值，其实，正是对儒学名教伦理主义的削弱。孔子当时仍为圣人，老庄并非圣人，老庄言“无”，孔子不说“无”，王弼这样解释，“无”不可说，所以圣人不说;老庄说无，不免于有，所以低于圣人。这是明显的以老庄解孔子。何晏有类似说法，如以圣人为“名无名”、“誉无誉”(《列子·仲尼》张湛注引)，也是以儒学名教本于无名、无誉的自然之道。再如稍前的夏侯玄，以为“天地以自然运，圣人以自然用”(同上)，看法大同小异。
代曹魏而兴者，为司马氏集团。司马氏集团很早就开始了对曹魏政权的夺权运动，何晏就死于这场残酷的政治斗争中。司马氏是当时的儒家豪族，在夺权运动中，一方面采用残暴的手段疯狂镇压异己力量;同时，利用儒学名教作为思想宣传武器。而在晋统治地位确定以后，更在名教的伪善面具之后，尽穷奢极欲之能事。这一时期玄学家们对名教的强烈反对，是与反对司马氏集团的政治斗争联系在一起的，代表人物为阮籍、嵇康。
早期玄学家何晏、王弼推崇老子，阮籍、嵇康则更重视庄子。他们借助于庄子追求个体精神自由的思想来反对名教、礼制的束缚，包括对现实政治的逃避。阮籍曾辛辣地讽刺儒家所推崇的“君子”，用躲在裤裆里的虱子譬喻其伪善、猥琐。嵇康则更直接地菲薄儒家圣人周公、孔子、乃至儒学经典《六经》，主张“越名教而任自然”。这些，也许更能通过他们反对世俗礼教的非常稀奇可怪的荒诞行为-为人所津津乐道的“放达”当中。这些行为既反映了他们对礼教中伪善一面的激烈抗战，也反映了他们对自我个性解放(包括感性自我)的追求。嵇康死于司马氏集团之手，所加的罪名就是反对“名教”。阮籍也有人借口其不遵孝道而欲加以惩治，因其一向谨慎、不臧否人物而最终得以身免。
与阮籍、嵇康同为竹林七贤的向秀则表现了不同的思想倾向。向秀与嵇康、吕安友善，曾共同隐居山林，后来，嵇康、吕安被杀，向秀入京为官。司马昭当时这样问他，“听说你有隐士之志，为什么到这里来?”向秀回答，“隐者只是有所不为之士，与儒家圣人之心相距甚远，没有什么值得羡慕的。”这个应答的确反映了向秀对儒学名教的看法。向秀把人的心智情欲乃至社会伦理道德都归结为“天理自然”。这里，他所谓“自然”与何晏、王弼的“以无为本”已经有较大的区别，“自然”意味着理或天理的自然法则。人有情有欲，出于自然法则，不过需“节之以礼”;礼出于人伦，人伦也源于自然法则。这些，正是对儒学名教的充分肯定。
如果说以阮籍、嵇康为代表的竹林七贤荒唐可怪的放达行为背后蕴含着深刻的思想内涵与精神抗争的话，那么，继之而起的一些争相效法他们行径的名士们则徒有其行，缺乏那样一种精神实质，有人称其为“作达”。晋惠帝元康年间(291-299>)，此风盛行，或至于赤身裸体，丑态百出。乐广曾这样评价这种现象，“名教内自有乐地”-不必如此(《晋书·乐广传》)。裴危则以其《崇有论》(见《晋书·裴危传》)肯定名教，反对超越，肯定有为，反对无为，反映了玄学思潮向儒学的回归。裴危反对以无为本，而推崇“有”。他所说的“有”，就是“总混群本”的“宗极之道”，即“天理”、“至理”，包括自然之理与社会伦理。不过，裴危反对“理”的超越性，以当下存在的现象界就是自然界的本源，现实的社会存在就是名教的根源。自然与社会存在是相通的，但裴危更强调社会存在。“理”的内在化就是人的性情，故此要“保生存宜”。“生”是自然的生命存在，包括生理欲望;“宜”则为社会伦理、道德法则。在裴危看来，“存宜”完全出于人的内在情感需要，“择乎其宜，所谓情也”。裴危的崇有论，站在维护礼制的立场上对儒学思想的建树有一定的深刻性，虽然他仍是一个玄学家。
郭象是玄学思潮的最后总结者，他综合以前玄学家们关于名教与自然的争论，最终完全同一名教与自然。郭象否定了有超越于万物存在之上的“道”、“无”，存在是“自然而然”、自己这样，没有使之然者。这就是郭象的“自然”、“独化”说，它完全否定了神学目的论与自然决定论。自然既是万物的存在形式，也是万物的根本性质，如此，郭象又引出“性分”的概念。因为万物的“性分”都是自然而然、完全自足的，因此无所谓大小、高下的差别。万物都以自身为标准、为“极”，只要完成了性分之内的自我实现，也就达成了自由。关键在于，郭象把社会地位的尊卑贵贱、社会伦理的仁义道德，也完全归结为“性分”之内的事情。就是说，“名教”与“自然”是完全合一的。对君臣、父子之义的逃避，反而成了超越性分、违反自然的庸人自扰的行为了。社会就是自然，自为就是无为，“庙堂之上”就是“山林之中”，伦理主义与自然主义的合一，是郭象融合儒、道的方法论的主要特征。
郭象后，玄学思潮随着西晋的灭亡、东晋的南迁仍然四处曼衍，不过已日渐衰落，代之而起的是佛教与佛学的繁荣。佛学以其与玄学的合流，迅速在中国繁衍，逐渐成为直至隋唐的中国哲学的主要思潮。这个时期的儒学在官方的维护下，仍以经学的形式顽强地延续着。不过，作为哲学思潮，无论在理论建树上、还是社会影响上，都无法与玄学、佛学思潮相抗衡。这一段的儒学的经学发展形式更象是一制度上的残余，借其惯性在盲目地运作着，两晋、南北朝乃至隋唐，都是这样。