【史实证据】
收尸记录
据统计，国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43,121具，南京红十字会收埋22,371具，慈善机构崇善堂收埋112,267具，慈善机构同善堂共埋尸7,000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18.5万余具。另有中国平民芮芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7,000余具;湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28,730具。
此外，日军支持的傀儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汊河一带收埋尸体3240具;第一区公所在城东南一带收埋尸体1,233具;南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3,000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。
南京沦陷前，日军曾在上海、苏州、嘉兴、杭州、绍兴、无锡、常州等地屠杀平民。有日本部分历史学家曾经怀疑中方声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批南京以外被杀的华东人口。而中国历史学家认为若华东地区被杀人口也计算在内的话，总数可能高达一百万人。
根据孙宅巍(江苏省社会科学院研究员)、高兴祖(南京大学教授)的研究认为死亡30万人以上。
广田弘毅在致日驻美国大使馆电中承认日军在南京等地用血腥手段使“不少于30万的中国平民遭杀戮”
【受害者人证】
李秀英，怀着7个月身孕，与3个日本兵搏斗身中37刀，
在鼓楼医院收治并留下了影像资料。她并赴日本进行对日索赔诉讼，在审讯期间逝世。
夏淑琴，全家9口人被杀7口，她被刺伤后从死人堆里爬出。
姜根福，(1929年12月20日-)，弟弟被日本兵摔死，母亲因为反抗强奸而被开枪打死，父亲被抓走，二姐因反抗强奸被刀劈死。
崔金贵，亲眼见慈善团体崇善堂的收尸埋尸过程，并确定崇善堂在埋尸时有计数。
尚德义，1937年12月6日上午11时被日军抓获，同时与1000名以上的中国男子一起被机枪扫射，绝大多数当场死亡。他由于被尸体压住晕倒而幸免于难。
伍正禧，在南京新华巷62号避难时，其二哥伍正保、大表哥云馆、三表哥三云、表叔老王被抓走并枪杀。祖父被刀捅死，30岁的表娘被强奸。
邵翰珍，父亲邵锦晴、祖父邵才潮和舅舅任发和被日军枪杀。
皇甫泽生，保卫南京的一个士兵。被日军俘获后与几百人一起，在板桥镇一个山沟里集体被日军用机枪射杀。日军在射杀后再用刺刀捅死幸存者。他和另一个重伤难友为仅存者。
孟宪梅，在淌水沟接水时，亲眼看到日军用多辆卡车把老百姓押到汉中门新桥桥口下面用机枪射死。
陈光秀，在南京汤山镇许巷村，父亲被枪杀，包括弟弟在内的村里100多个年轻人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被强奸。母亲因为父亲和弟弟被杀导致忧郁而死。
刘文静，大方巷广场集体屠杀(一百多人)见证人。
天津工商银行退休职工、南京大屠杀幸存者刘钟铭当年在南京一家商铺当学徒，说道：“日本鬼子进城后见人就杀，城里到处都是尸体，载着日本兵的汽车就从尸体上开过去。那个惨景，我一辈子也忘不了。”
【日方佐证】
侵华日军各级指挥机构当时的命令和军官的记录为直接物证：攻占南京的日军第6师团司令部曾接到命令：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧”。日军第16师团长中岛今朝吾的日记中也记道：“大体上不保留俘虏，全部处理之”。
1938年1月11日，日本外相广田弘毅在电文中称：“自从前几天回到上海，我调查了日军在南京及其他地方所犯暴行的报道，据可靠的目击者直接计算及可信度极高的一些人来函，提供充分的证明：日军的所作所为及其继续暴行的手段，不下30万的中国平民遭杀戮”。(吴天威，译自华盛顿国家档案馆公开的《日、士兵的日记、证言也被列为南京大屠杀的证据：侵入南京的日军第6师团辎重第6联队小队长高城守一日记中说，1937年12月14日，他看到南京下关江边：“尸体像漂流的木头被浪冲了过来，在岸边重叠地堆积着的尸体一望无际。这些尸体可能有几千、几万，数目大得很”。
日军第16师团老兵东史郎的日记(《东史郎日记》)为重要实证，例如他在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那(中国)人被装进邮袋中，西本(日本兵)点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子里发出了一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动。手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来，然后平静下去”。
其他重要的日本兵日记还有：《高岛市良日记》、《小原孝太郎日记》、会攻南京的日侵略军第十六师团师团长中岛今朝吾的日记等。
《朝日新闻》记者本多胜一的著作《中国之旅》，记录“百人斩”等屠杀事件。
笠原十九司教授，日本国内研究南京大屠杀的权威学者之一，曾多次提供南京大屠杀证据(《侵略亚洲的日本军队》)。