内蒙古自治区地域辽阔、资源丰富。全区地貌特征以高原为主，属典型的中温带季风气候，从东到西依次呈现湿润、半湿润向半干旱、干旱过渡的气候特征，具有降水量少而不匀、寒暑变化剧烈的显著特点。广阔的土地、复杂的自然地理条件和多样的气候形成了全区包括草原、森林、湿地、荒漠、沙漠、沙地等类型多样的生态系统，孕育了丰富的动植物资源，对维系区域生态平衡发挥着无可替代的作用，也是我国北疆生态安全的根本保障。
保护生物多样性的主要措施
近年来，各方高度重视生物多样性保护，采取了多种措施，内蒙古生态恢复取得显著成效，荒漠化和沙漠化趋势有所减缓。
1.加强生态工程建设，环境改善明显。内蒙古自治区全面开展生态建设，重点工程范围涉及全区90%以上的旗县，实现了生态环境“整体恶化趋势趋缓，重点治理区明显改善”良好效果。建立自然保护区是生物多样性保护的最重要途径，迄今，全区已建立国家级自然保护区27个。
2.突出重点保护区建设，珍稀植物得到有效呵护。2006年以来，累计争取国家重点保护区建设投资2.6亿元，先后启动了乌梁素海、遗鸥、科尔沁、杭锦淖尔、居延海等17项湿地保护工程。
3.组织开展生态保护红线划定工作。自治区环保厅积极配合环境保护部南京环境科学研究所开展内蒙古生态保护红线划定工作。
4.核定了生物多样性保护优先区域边界。
积极协助环境保护部，组织相关领域专家对涉及内蒙古大兴安岭区、呼伦贝尔区、松嫩平原区、锡林郭勒草原区和西鄂尔多斯—贺兰山—阴山区等5个生物多样性保护优先区域边界进行核定，使生物多样性保护优先区域更加切合内蒙古自治区实际。
5.完成内蒙古生物多样性评价工作。
2010年，内蒙古自治区获得全国生物物种联合执法检查和调查项目支持，组织开展了内蒙古生物多样性评价工作，科学评估了自治区生物多样性现状，并编制完成《内蒙古自治区生物多样性评价报告》。
6.组织实施呼伦贝尔草原生物多样性保护与减贫示范项目。2011年，环境保护部生物多样性保护与减贫示范项目在呼伦贝尔市落地，项目深入分析了草原生物多样性保护与牧民生产生活的内在联系，实现了草原生物多样性保护与牧民增收的双赢，对生物多样性保护与减贫工作起到了积极的示范作用。
7.提升沙生植物资源保护和利用水平。积极鼓励建设沙生植物资源库和沙生特色植物园，保存特有珍稀濒危生物基因。加强沙生野生植物资源产业创新体系建设，延伸新型绿色产业链，实现沙漠增绿、资源增值、牧民增收、企业增效、地区增税的积极效果。
8.积极开展生物多样性保护国际合作与交流。自1994年以来，内蒙古自治区环保厅积极参与中蒙俄达乌尔国际自然保护区工作和中俄跨界保护区与生物多样性保护合作，为内蒙古自治区生物多样性保护工作积累了宝贵经验。
保护生物多样性的问题和困难
法律法规不健全，生态保护缺乏资金，监管不力，保护与发展之间的矛盾突出，成为制约生物多样性保护的瓶颈。
(一)现行生物多样性保护相关法律法规不健全，部分内容不能满足当前生物多样性保护工作要求，亟待修改和完善生物多样性保护相关的法律法规。现行《中华人民共和国自然保护区条例》于1994年由国务院发布施行，《条例》应对不同类型的自然保护区施行差别化的管理制度，根据保护区的自然承载力进行合理利用，可有效利用资源，解决当地居民的部分生计问题，真正实现保护与发展双赢。
(二)环境保护部已印发《中国生物多样性保护战略与行动计划》(2010—2030)，并确定了39个生物多样性保护优先项目，各省、自治区也陆续编制了各自的生物多样性保护战略与行动计划，但行动计划的实施需要资金支持，目前，生物多样性保护工作的资金缺口较大。
(三)内蒙古自治区自然保护区普遍缺乏管护及能力建设资金。全区国家级自然保护区资金投入渠道单一，覆盖面窄。地方级(自治区、盟市、旗县级)自然保护区基本无固定资金投入，多数保护区管护难度很大，有的保护区管护有名无实。
(四)保护区监测和科研条件比较落后，监管力度不足。保护区质量提升上还存在一些问题。很多保护区没有专业技术人员，无法独立开展科研和科考工作。多数保护区没有设立监测和研究定位站，科研监测相对落后，生态环境监测数据缺少，导致资源保护工作缺乏相应的科学依据。同时，珍稀、特有物种保护尚须确立项目支撑。
(五)保护与开发之间的矛盾比较突出。内蒙古自治区经济发展速度很快，一些地方出于发展的考虑，项目未批先建屡屡发生，保护区逐步被蚕食，保护与开发的矛盾和冲突普遍存在。保护区内耕作、放牧、樵采薪材等生产生活方式造成自然植被的破坏，管护困难。保护区管理经费严重紧缺，某些地方为了加快发展，提出要撤掉保护区。
保护生物多样性的对策与建议
要着力解决好保护与发展、保护与利用的关系，努力实现生态建设、环境保护和经济发展的良性互动格局。
(一)完善森林生态建设投入机制、健全管理体制
第一，国家生态建设投入水平和标准没有建立与生态保护成效挂钩的激励约束机制。国有林区生态保护建设的成效在资金投入上不能得到充分体现，无法起到激励效果，难以调动林区建设生态文明的积极性。
第二，森林管护设施建设滞后。天保工程实施方案核定的管护费支付管护人员工资尚有缺口，难以满足管护设施建设的需要。同时，所有生态基础项目均实行国家投资企业配套的方式，且没有后期运营维护费用支撑，承担此类公益项目配套和后期运营都给本来困难的企业经营带来压力。
第三，二期天保工程核定的投入标准低。二期天保工程刚刚启动标准就已偏低，且缺乏随物价和人工成本浮动的动态调整。建议国家建立生态建设投入机制，增加生态投入。
(二)建立稳定的草原生态补助奖励长效机制
2011年至2013年，内蒙古自治区累计发放中央草原生态保护补奖资金121.2亿元，随着草愿生态保护补奖机制的实施，各地积极引导和扶持牧民调整畜群结构，发展舍饲半舍饲畜牧业，牧民传统的生产生活方式正在逐步转变。但草原生态脆弱，破坏容易恢复难，从根本上得到治理和恢复需要很长的过程，即使恢复仍然脆弱。五年的禁牧期，生态退化，草原特别是荒漠化草原植被难以取得实质性恢复，经不起再次利用。
建议：国家应将这项政策在2015年实施满五年后，至少再延长五年。可以按五年一个周期进行组织实施，每个周期结束之即，国家委托第三方对草原生态恢复情况进行客观、全面的监测评估，以监测评估结论为依据，对下一周期的政策措施进行适当调整完善，形成健全稳定的长效机制。
(三)加强自然保护区的建设，强化管理措施
第一，自然保护区应继续加大生态保护与建设管理力度，加大监管力度，强化保护管理措施。
第二，认真研究植被建设的科学方法。在防沙、治沙等植被建设中，科学合理规划，统筹兼顾。充分考虑植被耗水及区域水分平衡，确定一个适度的植被覆盖和植被类型的配置。
第三，建立和完善科研监测体系。保护珍稀濒危物种栖息地需要加强科研监测基础设施的建设与投入。加大防火监控电子设备的投入，加强综合监测体系的建设，进一步实现对森林资源与保护区生态状况的综合监测，为准确评价保护区内环境的变化提供科学准确的依据。
第四，着力解决好保护与发展、保护与利用的关系，从严控制矿产资源开发等项目对保护区的破坏和影响，努力实现生态建设、环境保护和经济发展的良性互动格局。
(四)完善生态保护法律法规，加强执法力度
加强生态保护执法力度。加强生态保护执法队伍建设，严厉打击破坏野生植物资源和自然生态系统的违法犯罪行为，严惩各类破坏生态环境的违法犯罪活动。
(五)建立野生植物种质资源库
迫切需要建立植物种类资源数据基因库，对内蒙古珍贵的植物种质资源进行保护和研究，抢救性收集保存日渐濒危和灭绝的珍稀植物物种资源和珍贵的遗传资源，并通过科技创新和人工繁育筛选和培育大量适宜生态系统的优良品种。
(六)加强政策扶持，加大财政支持力度
首先，进一步落实主体功能区规划，遵循“谁受益、谁补偿”原则，建立和完善生态恢复保证金制度。第二，建议国家和自治区将保护区日常管护、基础设施建设及科学研究经费纳入财政预算。第三，投入一定资金，建立生物多样性数据库。深入开展以县域为单元的生物多样性本底调查，科学评估自治区生物多样性现状，制定《内蒙古自治区生物多样性保护战略与行动计划》。